Шанина также занималась благотворительностью. Она была причастна ко многим омским научным и благотворительным обществам, неоднократно выделяла значительные суммы на общественные нужды города. С конца 1890-х годов – член Омского городского благотворительного общества. В 1901 году она передала три отреза ткани Омскому убежищу для бедных детей, в 1903 году вносила средства на организацию благотворительного вечера общества, в 1904 году состояла кандидатом в члены его правления. Царское правительство в 1905 году наградило Марию Александровну малой золотой медалью на Станиславской ленте.
Шанина внесла 150 рублей – довольно значительную по тем временам сумму – в фонд Первой Западно-сибирской лесной и торгово-промышленной выставки, проходившей летом 1911 года в Омске. 16 марта 1912 года она передала деньги и мануфактуру Омскому отделу Московского общества сельского хозяйства в пользу голодающего населения Акмолинской области.